FC 발티카-M 칼리닌그라드(러시아어: ФК Балтика-М Калининград)는 러시아의 축구 클럽으로 1954년에 창단되었으며, 칼리닌그라드를 연고로 하고 있다. 현재는 러시아 2부 리그인 러시아 내셔널 풋볼 리그에 참가하고 있다.
발티카-M 칼리닌그라드는 2007년에 알렉산드르 보르소예프가 발티카 칼리닌그라드의 2군팀을 창단하면서 시작되었다. 2012년에 발티카 칼리닌그라드의 2군팀이었던 FC 발티카-2가 해체되면서 발티카-M 칼리닌그라드는 발티카 칼리닌그라드의 유일한 2군팀이 되었다.
발티카-M 칼리닌그라드는 2014-15 시즌에 러시아 3부 리그인 러시아 프로페셔널 풋볼 리그 웨스트에 참가하기 시작했고, 2016-17 시즌에 2위를 차지하면서 러시아 내셔널 풋볼 리그로 승격되었다.
발티카-M 칼리닌그라드는 2019-20 시즌에 러시아 내셔널 풋볼 리그에서 1위를 차지하면서 러시아 1부 리그인 러시아 프리미어리그로 승격할 기회를 얻었지만, 승격 플레이오프에서 FK 니즈니 노브고로드에게 패하여 승격에 실패했다.
발티카-M 칼리닌그라드는 2020-21 시즌에 러시아 내셔널 풋볼 리그에서 4위를 차지했고, 2021-22 시즌에는 3위를 차지했다.
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