일반 사단법인 일본 야구 기구(일본어: 一般社団法人日本野球機構, 영어: Nippon Professional Baseball Organization, 통칭 NPB)는 일본 프로 야구(NPB)를 총괄하는 기관으로 센트럴 리그와 퍼시픽 리그의 소속된 12개 구단과 기타 일부 리그의 팀을 대표한다. 이 기관은 사단법인으로서 문부과학성의 관할하에 둔다. 일반적으로 일본 국내에서 ‘프로 야구’는 이 일본 야구 기구가 총괄하는 것을 가리킨다.
일본 프로페셔널 야구 협약 제8조 제5항에 근거로 일본 프로페셔널 야구 조직의 커미셔너가 동시에 일본 야구 기구의 회장을 맡고 있으며 재단법인 일본 프로 스포츠 협회 가맹 단체이다. 영문 명칭은 이전의 ‘Professional Baseball Organization of Japan’에서 2005년에 변경됐다.
메이저 리그 베이스볼에 이은 세계 2위의 야구 리그라는 평가도 있다.